Specjalnością naukową prof. dr hab. Jana Pomorskiego jest metodologia nauk społecznych i filozofia nauki. Jest autorem 18 książek i blisko 300 publikacji naukowych. Był promotorem w 20 przewodach doktorskich, recenzentem w kilkunastu przewodach habilitacyjnych i wnioskach o tytuł naukowy profesora. Był członkiem Komisji Ewaluacji Nauki w kadencji 2018-2022.

Od ponad 40 lat łączy karierę akademicką z działalnością gospodarczą. Zasiadał w radach nadzorczych ponad 40 spółek, w tym notowanych na GPW. Pod jego kierunkiem zrealizowano 80 projektów prywatyzacji przedsiębiorstw państwowych w latach '90 XX wieku oraz 120 projektów restrukturyzacyjnych i wdrożeniowych.

W latach 2002-2008 był Przewodniczącym Konwentu Europejskiego Kolegium Doktorskiego Polskich i Ukraińskich Uniwersytetów w Lublinie, a w latach 2010-2011 Pełnomocnikiem Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego ds. utworzenia Europejskiego Uniwersytetu Polsko-Ukraińskiego.

Od roku 2012 jest doradcą Prezydenta Miasta Lublin dra Krzysztofa Żuka i jego Pełnomocnikiem ds. Partnerstwa Wschodniego; był współautorem dwóch ostatnich strategii rozwoju Lublina. Za swoją działalność akademicka i społeczną był wielokrotnie nagradzany i odznaczany, w tym Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.